Reruntuhan Kota Bogor mulai tumbuh kembali berkat ekspedisi yang berturut-turut dilakukan oleh Scipio pada tahun 1687, Adolf Winkler tahun 1690 dan Abraham van Riebeeck tahun 1704, 1704 dan 1709.

Dalam memanfaatkan wilayah yang dikuasainya, VOC perlu mengenal suatu wilayah tersebut terlebih dahulu. Untuk meneliti wilayah dimaksud, dilakukan ekspedisi pada tahun 1687 yang dipimpin Sersan Scipio dibantu oleh Letnan Patinggi dan Letnan Tanujiwa, seorang Sunda terah Sumedang.

Dari ekspedisi tersebut serta ekspedisi lainnya, tidak ditemukannya pemukiman di bekas ibukota kerajaan, kecuali di beberapa tempat, seperti Cikeas, Citeureup, Kedung Halang dan Parung Angsana. Pada tahun 1687 juga, Tanujiwa yang mendapat perintah dari Camphuijs untuk membuka hutan Pajajaran, akhirnya berhasil mendirikan sebuah perkampungan di Parung Angsana yang kemudian diberi nama Kampung Baru. Tempat inilah yang selanjutnya menjadi cikal bakal tempat kelahiran Kabupaten Bogor yang didirikan kemudian. Kampung-kampung lain yang didirikan oleh Tanujiwa bersama anggota pasukannya adalah: Parakan Panjang, Parung Kujang, Panaragan, Bantar Jati, Sempur, Baranang Siang, Parung Banteng dan Cimahpar. Dengan adanya Kampung Baru menjadi semacam Pusat Pemerintahan bagi kampung-kampung lainnya.

Dokumen tanggal 7 November 1701 menyebut Tanujiwa sebagai Kepala Kampung Baru dan kampung-kampung lain yang terletak di sebelah hulu Ciliwung. Dengan demikian, Tanujiwa telah ditunjuk sebagai pemimpin kaum koloni di daerah itu. Atas dasar itulah, De Haan memulai daftar bupati-bupati Kampung Baru atau Buitenzorg dari tokoh Tanujiwa (1689-1705), walaupun secara resmi penggabungan distrik-distrik baru terjadi pada tahun 1745.

Pada tahun 1745 sembilan buah kampung digabungkan menjadi satu pemerintahan dibawah Kepala Kampung Baru yang diberi gelar Demang. Gabungan kesembilan kampung inilah yang disebut Regentschap Kampung Baru yang kemudian menjadi Regentschap Buitenzorg. Pada tahun 1740, sewaktu masa pemerintahan Gubernur Jenderal Baron van Imhoff, dibangunlah tempat peristirahatan, pada lokasi Istana Bogor sekarang yang diberi nama Buitenzorg. Dari waktu ke waktu, villa tersebut terus berkembang dengan pesat baik dari sisi fisik maupun fungsinya.

Pada tahun 1754, Bupati Kampung Baru, Demang Wiranata mengajukan permohonan kepada Guubernur Jenderal Jacob Mossel agar diijinkan mendirikan rumah tempat tinggal di Sukahati, terletak di Timur Cisadane dekat Cipakancilan yang lokasinya dekat empang besar. Nama Empang selanjutnya berangsur-angsur mendesak nama Sukahati, yang akhirnya pada tahun 1815 secara resmi nama daerahnya adalah Empang. Dengan dibukanya jalur hubungan kereta api Batavia-Buitenzorg pada tahun 1873, sangat mempengaruhi mobilitas sosial dan perekonomian kota.